Quan hệ với nhà Minh (明, 1368-1644) Trung Quốc được làm mới trong thời Muromachi sau khi Trung Quốc tìm kiếm sự trợ giúp để dẹp yên cướp biển Nhật Bản ở vùng bờ biển Trung Quốc. Cướp biển Nhật Bản thời kỳ và vùng này được gọi là 倭寇, wokou, "hòa khấu". Muốn tăng cường quan hệ với Trung Quốc và trừ bỏ mối lo về wokou, Yoshimitsu chấp nhận quan hệ với người Trung Quốc kéo dài nửa thế kỷ. Năm 1401 ông bắt đầu hệ thống cống phẩm, tự gọi mình trong một bức thư gửi Hoàng đế Trung Hoa là "Thần dân của người, Vua của Nhật Bản". Gỗ, lưu huỳnh, quặng đồng, kiếm và quạt gấp được đổi lấy tơ lụa, đồ sứ, sách và đồng xu Trung Quốc, người Trung Quốc xem đó là cống phẩm nhưng Nhật Bản lại xem là những thương vụ có lời.

Dưới thời Mạc phủ Ashikaga, một nền văn hóa quốc gia mới, gọi là văn hóa Muromachi, nảy sinh từ trụ sở Mạc phủ tại Kyoto rồi vươn tới mọi giai tầng trong xã hội.

Thiền tông

Thiền tông đóng một vai trò lớn không chỉ trong việc truyền bá tôn giáo mà cả ảnh hưởng tới quan điểm thẩm mỹ, đặc biệt là nhận được từ các bức họa Trung Hoa triều Tống (960-1279), triều Nguyên, và triều Minh. Sự gần gụi của triều đình với Mạc phủ dẫn đến sự pha trộn của Hoàng tộc, cận thần, daimyo, samurai, và các nhà sư Thiền tông. Tất cả các bộ môn nghệ thuật —kiến trúc, văn học, kịch Noh (能), hài kịch, thơ, trà đạo, làm vườn và cắm —đều nở rộ dưới thời Muromachi.

Thần đạo (Shinto)

Cũng có những mối quan tâm mới đến Shinto (神道, "Thần đạo"), cùng tồn tại một cách lặng lẽ bên cạnh Phật giáo (仏教 Bukkyo) trong nhiều thế kỷ Phật giáo thống trị trước kia. Thực ra, Shinto, thiếu kinh sách và có ít người đi theo, kết quả của các nghi lễ thần bí bắt đầu từ thời Nara, áp dụng nhiều lễ nghi của Chân Ngôn Tông. Từ thế kỷ 8 đến thế kỷ 14, Shinto gần như bị hấp thụ vào Phật giáo, trở thành cái gọi là Ryōbu Shinto. Cuộc xâm lăng của quân Mông Cổ trong thế kỷ 13, tuy vậy, làm thức tỉnh tinh thần dân tộc về vai trò của kamikaze trong việc đánh bại quân thủ. Chưa đến 50 năm sau đó (1339-43), Kitabatake Chikafusa (北畠 親房, 1293-1354), Tổng tư lệnh quân đội Nam triều viết Jinnōshōtōki (神皇正統記, 'Thần Hoàng Chính Thống ký'). Tác phẩm nhấn mạnh đến tầm quan trọng của việc duy trì dòng dõi thần thánh của Hoàng tộc từ thần Amaterasu đến Thiên hoàng hiện tại, một điều kiện để đem lại cho nước Nhật một "quốc thể" (kokutai) đặc biệt. Bên cạnh củng cố thêm cho tư cách thần thánh của Thiên hoàng, Jinnōshōtōki đem lại cho Shinto một quan điểm lịch sử, nhấn mạnh bản chất thần thánh của tất cả người Nhật và uy thế tinh thần của toàn đất nước đối với Trung Quốc và Ấn Độ. Kết quả là, một sự thay đổi dần dần diễn ra giữa thế cân bằng giữa tôn giáo kép Phật giáo–Shinto. Từ thế kỷ 14 đến 17, Shinto lại hồi sinh như là hệ thống niềm tin chính, phát triển triết học và kinh sách của riêng mình (dựa trên phép tắc của Nho giáo và Phật giáo), và trở thành một cơ sở hùng mạnh của chủ nghĩa quốc gia.